Define Emgu as a nuget reference for the project WPF
authorGreg Burri <greg.burri@gmail.com>
Thu, 18 May 2017 22:08:47 +0000 (00:08 +0200)
committerGreg Burri <greg.burri@gmail.com>
Thu, 18 May 2017 22:08:47 +0000 (00:08 +0200)
20 files changed:
Documentation/logo.svg [new file with mode: 0644]
Parasitemia/Parasitemia.sln
Parasitemia/ParasitemiaCore/Classifier.fs
Parasitemia/ParasitemiaCore/KdTree.fs
Parasitemia/ParasitemiaCore/ParasitemiaCore.fsproj
Parasitemia/ParasitemiaCore/Types.fs
Parasitemia/ParasitemiaCore/packages.config
Parasitemia/ParasitemiaUI/License-LGPL.txt [new file with mode: 0644]
Parasitemia/ParasitemiaUI/OpenTK.dll.config [new file with mode: 0644]
Parasitemia/ParasitemiaUI/ParasitemiaUI.fsproj
Parasitemia/ParasitemiaUI/packages.config
Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/AssemblyInfo.fs [new file with mode: 0644]
Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/KdTree.fs [new file with mode: 0644]
Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/ParasitemiaCore.Tests.fsproj [new file with mode: 0644]
Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/packages.config [new file with mode: 0644]
Parasitemia/WPF/License-LGPL.txt [new file with mode: 0644]
Parasitemia/WPF/OpenTK.dll.config [new file with mode: 0644]
Parasitemia/WPF/WPF.csproj
Parasitemia/WPF/app.config [new file with mode: 0644]
Parasitemia/WPF/packages.config [new file with mode: 0644]

diff --git a/Documentation/logo.svg b/Documentation/logo.svg
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b65f39b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,98 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
+<!-- Created with Inkscape (http://www.inkscape.org/) -->
+
+<svg
+   xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
+   xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#"
+   xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
+   xmlns:svg="http://www.w3.org/2000/svg"
+   xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"
+   xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"
+   xmlns:sodipodi="http://sodipodi.sourceforge.net/DTD/sodipodi-0.dtd"
+   xmlns:inkscape="http://www.inkscape.org/namespaces/inkscape"
+   width="210mm"
+   height="297mm"
+   viewBox="0 0 744.09448819 1052.3622047"
+   id="svg2"
+   version="1.1"
+   inkscape:version="0.91 r13725"
+   sodipodi:docname="logo.svg">
+  <defs
+     id="defs4">
+    <linearGradient
+       inkscape:collect="always"
+       id="linearGradient4697">
+      <stop
+         style="stop-color:#ffcad5;stop-opacity:1"
+         offset="0"
+         id="stop4699" />
+      <stop
+         style="stop-color:#ff1849;stop-opacity:1"
+         offset="1"
+         id="stop4701" />
+    </linearGradient>
+    <radialGradient
+       inkscape:collect="always"
+       xlink:href="#linearGradient4697"
+       id="radialGradient4703"
+       cx="73.571426"
+       cy="349.50507"
+       fx="73.571426"
+       fy="349.50507"
+       r="42.642857"
+       gradientUnits="userSpaceOnUse"
+       gradientTransform="translate(-3.4104764e-6,-3.7142923e-7)" />
+  </defs>
+  <sodipodi:namedview
+     id="base"
+     pagecolor="#ffffff"
+     bordercolor="#666666"
+     borderopacity="1.0"
+     inkscape:pageopacity="0.0"
+     inkscape:pageshadow="2"
+     inkscape:zoom="1.4"
+     inkscape:cx="239.77758"
+     inkscape:cy="756.0689"
+     inkscape:document-units="px"
+     inkscape:current-layer="layer1"
+     showgrid="false"
+     inkscape:window-width="1920"
+     inkscape:window-height="1017"
+     inkscape:window-x="-8"
+     inkscape:window-y="-8"
+     inkscape:window-maximized="1" />
+  <metadata
+     id="metadata7">
+    <rdf:RDF>
+      <cc:Work
+         rdf:about="">
+        <dc:format>image/svg+xml</dc:format>
+        <dc:type
+           rdf:resource="http://purl.org/dc/dcmitype/StillImage" />
+        <dc:title />
+      </cc:Work>
+    </rdf:RDF>
+  </metadata>
+  <g
+     inkscape:label="Layer 1"
+     inkscape:groupmode="layer"
+     id="layer1">
+    <circle
+       style="opacity:1;fill:url(#radialGradient4703);fill-opacity:1;fill-rule:evenodd;stroke:#8f1818;stroke-width:2;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1"
+       id="path4695"
+       cx="76.474655"
+       cy="355.54239"
+       r="42.142857"
+       inkscape:export-filename="D:\Master Thesis\Parasitemia\Parasitemia\Resources\logo_16.png"
+       inkscape:export-xdpi="16.688744"
+       inkscape:export-ydpi="16.688744" />
+    <path
+       style="opacity:1;fill:#080052;fill-opacity:1;fill-rule:evenodd;stroke:#4336bc;stroke-width:1;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1"
+       d="m 77.551687,326.39277 c -5.8033,0.008 -11.94048,1.80049 -17.27149,5.29687 -24.403043,16.0049 -7.257473,36.03257 7.8711,40.17969 a 9.2176418,6.4397225 11.627666 0 0 7.32226,5.07031 9.2176418,6.4397225 11.627666 0 0 10.32617,-4.44922 9.2176418,6.4397225 11.627666 0 0 -7.73046,-8.16601 9.2176418,6.4397225 11.627666 0 0 -10.11133,3.73828 c -17.370923,-8.47765 -12.671653,-23.43197 -4.08399,-30.39258 6.57211,-5.32693 29.37974,-14.08897 32.32813,11.38086 a 6.4397225,9.2176418 8.4094569 0 0 -6.23047,8.13867 6.4397225,9.2176418 8.4094569 0 0 5.02344,10.06055 6.4397225,9.2176418 8.4094569 0 0 7.718753,-8.17774 6.4397225,9.2176418 8.4094569 0 0 -3.521493,-9.54882 c 0.72859,-15.65371 -9.74462,-23.14703 -21.64062,-23.13086 z"
+       id="path4705"
+       inkscape:connector-curvature="0"
+       inkscape:export-filename="D:\Master Thesis\Parasitemia\Parasitemia\Resources\logo_16.png"
+       inkscape:export-xdpi="16.688744"
+       inkscape:export-ydpi="16.688744" />
+  </g>
+</svg>
index 9db6b13..ba7560b 100644 (file)
@@ -11,6 +11,10 @@ Project("{F2A71F9B-5D33-465A-A702-920D77279786}") = "Logger", "Logger\Logger.fsp
 EndProject
 Project("{F2A71F9B-5D33-465A-A702-920D77279786}") = "ParasitemiaCore", "ParasitemiaCore\ParasitemiaCore.fsproj", "{0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}"
 EndProject
 EndProject
 Project("{F2A71F9B-5D33-465A-A702-920D77279786}") = "ParasitemiaCore", "ParasitemiaCore\ParasitemiaCore.fsproj", "{0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}"
 EndProject
+Project("{2150E333-8FDC-42A3-9474-1A3956D46DE8}") = "Tests", "Tests", "{1EC5C716-CA52-46FD-A76C-BEF9459E5561}"
+EndProject
+Project("{F2A71F9B-5D33-465A-A702-920D77279786}") = "ParasitemiaCore.Tests", "Tests\ParasitemiaCore.Tests\ParasitemiaCore.Tests.fsproj", "{2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A}"
+EndProject
 Global
        GlobalSection(Performance) = preSolution
                HasPerformanceSessions = true
 Global
        GlobalSection(Performance) = preSolution
                HasPerformanceSessions = true
@@ -45,8 +49,23 @@ Global
                {0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}.DebugGUI|Any CPU.Build.0 = Debug|Any CPU
                {0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}.Release|Any CPU.ActiveCfg = Release|Any CPU
                {0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}.Release|Any CPU.Build.0 = Release|Any CPU
                {0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}.DebugGUI|Any CPU.Build.0 = Debug|Any CPU
                {0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}.Release|Any CPU.ActiveCfg = Release|Any CPU
                {0F8A85F4-9328-40C3-B8FF-44FB39CEB01F}.Release|Any CPU.Build.0 = Release|Any CPU
+               {2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A}.Debug|Any CPU.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+               {2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A}.Debug|Any CPU.Build.0 = Debug|Any CPU
+               {2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A}.DebugGUI|Any CPU.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+               {2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A}.DebugGUI|Any CPU.Build.0 = Debug|Any CPU
+               {2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A}.Release|Any CPU.ActiveCfg = Release|Any CPU
+               {2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A}.Release|Any CPU.Build.0 = Release|Any CPU
        EndGlobalSection
        GlobalSection(SolutionProperties) = preSolution
                HideSolutionNode = FALSE
        EndGlobalSection
        EndGlobalSection
        GlobalSection(SolutionProperties) = preSolution
                HideSolutionNode = FALSE
        EndGlobalSection
+       GlobalSection(NestedProjects) = preSolution
+               {2AB542E3-5F90-48CA-9442-32B2780B3E4A} = {1EC5C716-CA52-46FD-A76C-BEF9459E5561}
+       EndGlobalSection
+       GlobalSection(Performance) = preSolution
+               HasPerformanceSessions = true
+       EndGlobalSection
+       GlobalSection(Performance) = preSolution
+               HasPerformanceSessions = true
+       EndGlobalSection
 EndGlobal
 EndGlobal
index f7c1bbb..36e2851 100644 (file)
@@ -112,7 +112,7 @@ let findCells (ellipses : Ellipse list) (parasites : ParasitesMarker.Result) (wi
         // 2) Remove ellipses touching the edges.
         let widthF, heightF = float32 width, float32 height
         for e in ellipses do
         // 2) Remove ellipses touching the edges.
         let widthF, heightF = float32 width, float32 height
         for e in ellipses do
-            if e.isOutside widthF heightF then e.State <- CellState.Removed
+            if e.IsOutside widthF heightF then e.State <- CellState.Removed
 
         // 3) Remove ellipses with a high standard deviation (high contrast).
         // Obsolete. It was useful when the ellipses result quality wasn't good.
 
         // 3) Remove ellipses with a high standard deviation (high contrast).
         // Obsolete. It was useful when the ellipses result quality wasn't good.
index 4e20f24..f98cfa2 100644 (file)
@@ -90,63 +90,3 @@ type Tree<'a when 'a :> I2DCoords> =
                     (valuesInRegion downRegion part1) @ (valuesInRegion upRegion part2)
 
         searchWithRegion this { minX = Single.MinValue; maxX = Single.MaxValue; minY = Single.MinValue; maxY = Single.MaxValue } 1
                     (valuesInRegion downRegion part1) @ (valuesInRegion upRegion part2)
 
         searchWithRegion this { minX = Single.MinValue; maxX = Single.MaxValue; minY = Single.MinValue; maxY = Single.MaxValue } 1
-
-///// Tests. TODO: to put in a unit test.
-
-type Point (x : float32, y : float32) =
-    interface I2DCoords with
-        member this.X = x
-        member this.Y = y
-
-    override this.ToString () =
-        sprintf "(%.1f, %.1f)" x y
-
-// TODO: test with identical X or Y coords
-let test () =
-    let pts =
-        [
-            Point(1.0f, 1.0f)
-            Point(2.0f, 2.0f)
-            Point(1.5f, 3.6f)
-            Point(3.0f, 3.2f)
-            Point(4.0f, 4.0f)
-            Point(3.5f, 1.5f)
-            Point(2.5f, 0.5f)
-        ]
-
-    let tree = Tree.BuildTree pts
-    Utils.dprintfn "Tree: %A" tree
-
-    let s1 = tree.Search { minX = 0.0f; maxX = 5.0f; minY = 0.0f; maxY = 5.0f } // All points.
-    Utils.dprintfn "s1: %A" s1
-
-    let s2 = tree.Search { minX = 2.8f; maxX = 4.5f; minY = 3.0f; maxY = 4.5f }
-    Utils.dprintfn "s2: %A" s2
-
-    let s3 = tree.Search { minX = 2.0f; maxX = 2.0f; minY = 2.0f; maxY = 2.0f }
-    Utils.dprintfn "s3: %A" s3
-
-let test2 () =
-    let pts =
-        [
-            Point(1.0f, 1.0f)
-            Point(1.0f, 2.0f)
-            Point(1.0f, 3.0f)
-        ]
-
-    let tree = Tree.BuildTree pts
-    Utils.dprintfn "Tree: %A" tree
-
-    let s1 = tree.Search { minX = 1.0f; maxX = 1.0f; minY = 1.0f; maxY = 1.0f }
-    Utils.dprintfn "s1: %A" s1
-
-    let s2 = tree.Search { minX = 1.0f; maxX = 1.0f; minY = 2.0f; maxY = 2.0f }
-    Utils.dprintfn "s2: %A" s2
-
-    // This case result is wrong: FIXME
-    let s3 = tree.Search { minX = 1.0f; maxX = 1.0f; minY = 3.0f; maxY = 3.0f }
-    Utils.dprintfn "s3: %A" s3
-
-    let s4 = tree.Search { minX = 0.0f; maxX = 2.0f; minY = 0.0f; maxY = 4.0f }
-    Utils.dprintfn "s4: %A" s4
-
index 340eb5b..5a14573 100644 (file)
     <Reference Include="System.Drawing" />
     <Reference Include="System.Numerics" />
     <Reference Include="System.ValueTuple">
     <Reference Include="System.Drawing" />
     <Reference Include="System.Numerics" />
     <Reference Include="System.ValueTuple">
-      <HintPath>..\packages\System.ValueTuple.4.3.0\lib\netstandard1.0\System.ValueTuple.dll</HintPath>
+      <HintPath>..\packages\System.ValueTuple.4.3.1\lib\netstandard1.0\System.ValueTuple.dll</HintPath>
     </Reference>
     <Reference Include="System.Windows.Forms" />
     <Reference Include="System.Xml" />
     </Reference>
     <Reference Include="System.Windows.Forms" />
     <Reference Include="System.Xml" />
index f88baf8..c1a635d 100644 (file)
@@ -29,7 +29,7 @@ type Ellipse (cx : float32, cy : float32, a : float32, b : float32, alpha : floa
     member this.CutAnHorizontalLine (x : float32) : bool =
         a ** 2.f + b ** 2.f - 2.f * x ** 2.f + 4.f * x * cy - 2.f * cy ** 2.f - a ** 2.f * cos (2.f * alpha) + b ** 2.f * cos (2.f * alpha) > 0.f
 
     member this.CutAnHorizontalLine (x : float32) : bool =
         a ** 2.f + b ** 2.f - 2.f * x ** 2.f + 4.f * x * cy - 2.f * cy ** 2.f - a ** 2.f * cos (2.f * alpha) + b ** 2.f * cos (2.f * alpha) > 0.f
 
-    member this.isOutside (width : float32) (height : float32) =
+    member this.IsOutside (width : float32) (height : float32) =
         this.Cx < 0.f || this.Cx >= width ||
         this.Cy < 0.f || this.Cy >= height ||
         this.CutAVericalLine 0.f || this.CutAVericalLine width ||
         this.Cx < 0.f || this.Cx >= width ||
         this.Cy < 0.f || this.Cy >= height ||
         this.CutAVericalLine 0.f || this.CutAVericalLine width ||
@@ -67,7 +67,7 @@ type MaybeBuilder () =
         | None -> None
         | Some a -> f a
 
         | None -> None
         | Some a -> f a
 
-    member this.ReturnFrom (x) = x
+    member this.ReturnFrom x = x
 
     member this.TryFinally (body, compensation) =
         try
 
     member this.TryFinally (body, compensation) =
         try
@@ -85,7 +85,7 @@ type MaybeBuilder () =
     member this.Zero () =
         None
 
     member this.Zero () =
         None
 
-    member this.Return (x) =
+    member this.Return x =
         Some x
 
 let maybe = MaybeBuilder()
         Some x
 
 let maybe = MaybeBuilder()
index 297d372..91a2fc7 100644 (file)
@@ -7,6 +7,6 @@
   <package id="MathNet.Numerics.FSharp" version="3.19.0" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK" version="2.0.0" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK.GLControl" version="1.1.2349.61993" targetFramework="net452" />
   <package id="MathNet.Numerics.FSharp" version="3.19.0" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK" version="2.0.0" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK.GLControl" version="1.1.2349.61993" targetFramework="net452" />
-  <package id="System.ValueTuple" version="4.3.0" targetFramework="net462" />
+  <package id="System.ValueTuple" version="4.3.1" targetFramework="net452" />
   <package id="ZedGraph" version="5.1.7" targetFramework="net452" />
 </packages>
\ No newline at end of file
   <package id="ZedGraph" version="5.1.7" targetFramework="net452" />
 </packages>
\ No newline at end of file
diff --git a/Parasitemia/ParasitemiaUI/License-LGPL.txt b/Parasitemia/ParasitemiaUI/License-LGPL.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..84d8640
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,506 @@
+                 GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
+                      Version 2.1, February 1999
+
+ Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
+     59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+[This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
+ as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
+ the version number 2.1.]
+
+                           Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
+free software--to make sure the software is free for all its users.
+
+  This license, the Lesser General Public License, applies to some
+specially designated software packages--typically libraries--of the
+Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
+can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
+this license or the ordinary General Public License is the better
+strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
+not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
+you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
+for this service if you wish); that you receive source code or can get
+it if you want it; that you can change the software and use pieces of
+it in new free programs; and that you are informed that you can do
+these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
+rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
+you if you distribute copies of the library or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
+or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
+you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
+code.  If you link other code with the library, you must provide
+complete object files to the recipients, so that they can relink them
+with the library after making changes to the library and recompiling
+it.  And you must show them these terms so they know their rights.
+
+  We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
+library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
+permission to copy, distribute and/or modify the library.
+
+  To protect each distributor, we want to make it very clear that
+there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
+modified by someone else and passed on, the recipients should know
+that what they have is not the original version, so that the original
+author's reputation will not be affected by problems that might be
+introduced by others.
+
+  Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
+any free program.  We wish to make sure that a company cannot
+effectively restrict the users of a free program by obtaining a
+restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
+any patent license obtained for a version of the library must be
+consistent with the full freedom of use specified in this license.
+
+  Most GNU software, including some libraries, is covered by the
+ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
+General Public License, applies to certain designated libraries, and
+is quite different from the ordinary General Public License.  We use
+this license for certain libraries in order to permit linking those
+libraries into non-free programs.
+
+  When a program is linked with a library, whether statically or using
+a shared library, the combination of the two is legally speaking a
+combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
+General Public License therefore permits such linking only if the
+entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
+Public License permits more lax criteria for linking other code with
+the library.
+
+  We call this license the "Lesser" General Public License because it
+does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
+Public License.  It also provides other free software developers Less
+of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
+are the reason we use the ordinary General Public License for many
+libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
+special circumstances.
+
+  For example, on rare occasions, there may be a special need to
+encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
+a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
+allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
+library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
+case, there is little to gain by limiting the free library to free
+software only, so we use the Lesser General Public License.
+
+  In other cases, permission to use a particular library in non-free
+programs enables a greater number of people to use a large body of
+free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
+non-free programs enables many more people to use the whole GNU
+operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
+system.
+
+  Although the Lesser General Public License is Less protective of the
+users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
+linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
+that program using a modified version of the Library.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.  Pay close attention to the difference between a
+"work based on the library" and a "work that uses the library".  The
+former contains code derived from the library, whereas the latter must
+be combined with the library in order to run.
+
+                 GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License Agreement applies to any software library or other
+program which contains a notice placed by the copyright holder or
+other authorized party saying it may be distributed under the terms of
+this Lesser General Public License (also called "this License").
+Each licensee is addressed as "you".
+
+  A "library" means a collection of software functions and/or data
+prepared so as to be conveniently linked with application programs
+(which use some of those functions and data) to form executables.
+
+  The "Library", below, refers to any such software library or work
+which has been distributed under these terms.  A "work based on the
+Library" means either the Library or any derivative work under
+copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
+portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
+straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
+included without limitation in the term "modification".)
+
+  "Source code" for a work means the preferred form of the work for
+making modifications to it.  For a library, complete source code means
+all the source code for all modules it contains, plus any associated
+interface definition files, plus the scripts used to control compilation
+and installation of the library.
+
+  Activities other than copying, distribution and modification are not
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+running a program using the Library is not restricted, and output from
+such a program is covered only if its contents constitute a work based
+on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
+writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
+and what the program that uses the Library does.
+  
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
+complete source code as you receive it, in any medium, provided that
+you conspicuously and appropriately publish on each copy an
+appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
+all the notices that refer to this License and to the absence of any
+warranty; and distribute a copy of this License along with the
+Library.
+
+  You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
+and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
+fee.
+
+  2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
+of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+above, provided that you also meet all of these conditions:
+
+    a) The modified work must itself be a software library.
+
+    b) You must cause the files modified to carry prominent notices
+    stating that you changed the files and the date of any change.
+
+    c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
+    charge to all third parties under the terms of this License.
+
+    d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
+    table of data to be supplied by an application program that uses
+    the facility, other than as an argument passed when the facility
+    is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
+    in the event an application does not supply such function or
+    table, the facility still operates, and performs whatever part of
+    its purpose remains meaningful.
+
+    (For example, a function in a library to compute square roots has
+    a purpose that is entirely well-defined independent of the
+    application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
+    application-supplied function or table used by this function must
+    be optional: if the application does not supply it, the square
+    root function must still compute square roots.)
+
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If
+identifiable sections of that work are not derived from the Library,
+and can be reasonably considered independent and separate works in
+themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
+sections when you distribute them as separate works.  But when you
+distribute the same sections as part of a whole which is a work based
+on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
+this License, whose permissions for other licensees extend to the
+entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
+it.
+
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
+your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
+exercise the right to control the distribution of derivative or
+collective works based on the Library.
+
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
+with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
+a storage or distribution medium does not bring the other work under
+the scope of this License.
+
+  3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
+License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
+this, you must alter all the notices that refer to this License, so
+that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
+instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
+ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
+that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
+these notices.
+
+  Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
+that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
+subsequent copies and derivative works made from that copy.
+
+  This option is useful when you wish to copy part of the code of
+the Library into a program that is not a library.
+
+  4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
+derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
+under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
+it with the complete corresponding machine-readable source code, which
+must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
+medium customarily used for software interchange.
+
+  If distribution of object code is made by offering access to copy
+from a designated place, then offering equivalent access to copy the
+source code from the same place satisfies the requirement to
+distribute the source code, even though third parties are not
+compelled to copy the source along with the object code.
+
+  5. A program that contains no derivative of any portion of the
+Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
+linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
+work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
+therefore falls outside the scope of this License.
+
+  However, linking a "work that uses the Library" with the Library
+creates an executable that is a derivative of the Library (because it
+contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
+library".  The executable is therefore covered by this License.
+Section 6 states terms for distribution of such executables.
+
+  When a "work that uses the Library" uses material from a header file
+that is part of the Library, the object code for the work may be a
+derivative work of the Library even though the source code is not.
+Whether this is true is especially significant if the work can be
+linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
+threshold for this to be true is not precisely defined by law.
+
+  If such an object file uses only numerical parameters, data
+structure layouts and accessors, and small macros and small inline
+functions (ten lines or less in length), then the use of the object
+file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
+work.  (Executables containing this object code plus portions of the
+Library will still fall under Section 6.)
+
+  Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
+distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
+Any executables containing that work also fall under Section 6,
+whether or not they are linked directly with the Library itself.
+
+  6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
+link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
+work containing portions of the Library, and distribute that work
+under terms of your choice, provided that the terms permit
+modification of the work for the customer's own use and reverse
+engineering for debugging such modifications.
+
+  You must give prominent notice with each copy of the work that the
+Library is used in it and that the Library and its use are covered by
+this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
+during execution displays copyright notices, you must include the
+copyright notice for the Library among them, as well as a reference
+directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
+of these things:
+
+    a) Accompany the work with the complete corresponding
+    machine-readable source code for the Library including whatever
+    changes were used in the work (which must be distributed under
+    Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
+    with the Library, with the complete machine-readable "work that
+    uses the Library", as object code and/or source code, so that the
+    user can modify the Library and then relink to produce a modified
+    executable containing the modified Library.  (It is understood
+    that the user who changes the contents of definitions files in the
+    Library will not necessarily be able to recompile the application
+    to use the modified definitions.)
+
+    b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
+    Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
+    copy of the library already present on the user's computer system,
+    rather than copying library functions into the executable, and (2)
+    will operate properly with a modified version of the library, if
+    the user installs one, as long as the modified version is
+    interface-compatible with the version that the work was made with.
+
+    c) Accompany the work with a written offer, valid for at
+    least three years, to give the same user the materials
+    specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
+    than the cost of performing this distribution.
+
+    d) If distribution of the work is made by offering access to copy
+    from a designated place, offer equivalent access to copy the above
+    specified materials from the same place.
+
+    e) Verify that the user has already received a copy of these
+    materials or that you have already sent this user a copy.
+
+  For an executable, the required form of the "work that uses the
+Library" must include any data and utility programs needed for
+reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
+the materials to be distributed need not include anything that is
+normally distributed (in either source or binary form) with the major
+components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
+which the executable runs, unless that component itself accompanies
+the executable.
+
+  It may happen that this requirement contradicts the license
+restrictions of other proprietary libraries that do not normally
+accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
+use both them and the Library together in an executable that you
+distribute.
+
+  7. You may place library facilities that are a work based on the
+Library side-by-side in a single library together with other library
+facilities not covered by this License, and distribute such a combined
+library, provided that the separate distribution of the work based on
+the Library and of the other library facilities is otherwise
+permitted, and provided that you do these two things:
+
+    a) Accompany the combined library with a copy of the same work
+    based on the Library, uncombined with any other library
+    facilities.  This must be distributed under the terms of the
+    Sections above.
+
+    b) Give prominent notice with the combined library of the fact
+    that part of it is a work based on the Library, and explaining
+    where to find the accompanying uncombined form of the same work.
+
+  8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
+the Library except as expressly provided under this License.  Any
+attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
+distribute the Library is void, and will automatically terminate your
+rights under this License.  However, parties who have received copies,
+or rights, from you under this License will not have their licenses
+terminated so long as such parties remain in full compliance.
+
+  9. You are not required to accept this License, since you have not
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+distribute the Library or its derivative works.  These actions are
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+modifying or distributing the Library (or any work based on the
+Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Library or works based on it.
+
+  10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
+Library), the recipient automatically receives a license from the
+original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
+subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
+this License.
+
+  11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
+license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Library.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
+particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
+and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+patents or other property right claims or to contest validity of any
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+integrity of the free software distribution system which is
+implemented by public license practices.  Many people have made
+generous contributions to the wide range of software distributed
+through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+to distribute software through any other system and a licensee cannot
+impose that choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+be a consequence of the rest of this License.
+
+  12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+original copyright holder who places the Library under this License may add
+an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
+so that distribution is permitted only in or among countries not thus
+excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
+written in the body of this License.
+
+  13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
+versions of the Lesser General Public License from time to time.
+Such new versions will be similar in spirit to the present version,
+but may differ in detail to address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
+specifies a version number of this License which applies to it and
+"any later version", you have the option of following the terms and
+conditions either of that version or of any later version published by
+the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
+license version number, you may choose any version ever published by
+the Free Software Foundation.
+
+  14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
+programs whose distribution conditions are incompatible with these,
+write to the author to ask for permission.  For software which is
+copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
+Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
+decision will be guided by the two goals of preserving the free status
+of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
+and reuse of software generally.
+
+                           NO WARRANTY
+
+  15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
+WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
+EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
+OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
+KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
+IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
+PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
+LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
+THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
+
+  16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
+WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
+AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
+FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
+CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
+LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
+RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
+FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
+SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
+DAMAGES.
+
+                    END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+           How to Apply These Terms to Your New Libraries
+
+  If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, we recommend making it free software that
+everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
+redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
+ordinary General Public License).
+
+  To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
+safest to attach them to the start of each source file to most effectively
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
+"copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
+
+    <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
+    Copyright (C) <year>  <name of author>
+
+    This library is free software; you can redistribute it and/or
+    modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+    License as published by the Free Software Foundation; either
+    version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+
+    This library is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+    Lesser General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+    License along with this library; if not, write to the Free Software
+    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
+necessary.  Here is a sample; alter the names:
+
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
+  library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
+
+  <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
+  Ty Coon, President of Vice
+
+That's all there is to it!
+
+
+
+
diff --git a/Parasitemia/ParasitemiaUI/OpenTK.dll.config b/Parasitemia/ParasitemiaUI/OpenTK.dll.config
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7098d39
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,25 @@
+<configuration>
+  <dllmap os="linux" dll="opengl32.dll" target="libGL.so.1"/>
+  <dllmap os="linux" dll="glu32.dll" target="libGLU.so.1"/>
+  <dllmap os="linux" dll="openal32.dll" target="libopenal.so.1"/>
+  <dllmap os="linux" dll="alut.dll" target="libalut.so.0"/>
+  <dllmap os="linux" dll="opencl.dll" target="libOpenCL.so"/>
+  <dllmap os="linux" dll="libX11" target="libX11.so.6"/>
+  <dllmap os="linux" dll="libXi" target="libXi.so.6"/>
+  <dllmap os="linux" dll="SDL2.dll" target="libSDL2-2.0.so.0"/>
+  <dllmap os="osx" dll="opengl32.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGL.framework/OpenGL"/>
+  <dllmap os="osx" dll="openal32.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenAL.framework/OpenAL" />
+  <dllmap os="osx" dll="alut.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenAL.framework/OpenAL" />
+  <dllmap os="osx" dll="libGLES.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGLES.framework/OpenGLES" />
+  <dllmap os="osx" dll="libGLESv1_CM.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGLES.framework/OpenGLES" />
+  <dllmap os="osx" dll="libGLESv2.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGLES.framework/OpenGLES" />
+  <dllmap os="osx" dll="opencl.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenCL.framework/OpenCL"/>
+  <dllmap os="osx" dll="SDL2.dll" target="libSDL2.dylib"/>
+  <!-- XQuartz compatibility (X11 on Mac) -->
+  <dllmap os="osx" dll="libGL.so.1" target="/usr/X11/lib/libGL.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libX11" target="/usr/X11/lib/libX11.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXcursor.so.1" target="/usr/X11/lib/libXcursor.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXi" target="/usr/X11/lib/libXi.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXinerama" target="/usr/X11/lib/libXinerama.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXrandr.so.2" target="/usr/X11/lib/libXrandr.dylib"/>
+</configuration>
index f20a7f9..200460e 100644 (file)
     <Reference Include="System.IO.Compression.FileSystem" />
     <Reference Include="System.Numerics" />
     <Reference Include="System.ValueTuple">
     <Reference Include="System.IO.Compression.FileSystem" />
     <Reference Include="System.Numerics" />
     <Reference Include="System.ValueTuple">
-      <HintPath>..\packages\System.ValueTuple.4.3.0\lib\netstandard1.0\System.ValueTuple.dll</HintPath>
+      <HintPath>..\packages\System.ValueTuple.4.3.1\lib\netstandard1.0\System.ValueTuple.dll</HintPath>
     </Reference>
     <Reference Include="System.Windows.Forms" />
     <Reference Include="System.Windows.Interactivity">
     </Reference>
     <Reference Include="System.Windows.Forms" />
     <Reference Include="System.Windows.Interactivity">
index 8a1eccf..89d3dcf 100644 (file)
@@ -8,6 +8,6 @@
   <package id="Newtonsoft.Json" version="10.0.2" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK" version="2.0.0" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK.GLControl" version="1.1.2349.61993" targetFramework="net452" />
   <package id="Newtonsoft.Json" version="10.0.2" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK" version="2.0.0" targetFramework="net452" />
   <package id="OpenTK.GLControl" version="1.1.2349.61993" targetFramework="net452" />
-  <package id="System.ValueTuple" version="4.3.0" targetFramework="net462" />
+  <package id="System.ValueTuple" version="4.3.1" targetFramework="net452" />
   <package id="ZedGraph" version="5.1.7" targetFramework="net452" />
 </packages>
\ No newline at end of file
   <package id="ZedGraph" version="5.1.7" targetFramework="net452" />
 </packages>
\ No newline at end of file
diff --git a/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/AssemblyInfo.fs b/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/AssemblyInfo.fs
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d448a0d
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,43 @@
+namespace ParasitemiaCore.Tests.AssemblyInfo
+
+open System.Reflection
+open System.Runtime.CompilerServices
+open System.Runtime.InteropServices
+
+// General Information about an assembly is controlled through the following
+// set of attributes. Change these attribute values to modify the information
+// associated with an assembly.
+[<assembly: AssemblyTitle("ParasitemiaCore.Tests")>]
+[<assembly: AssemblyDescription("")>]
+[<assembly: AssemblyConfiguration("")>]
+[<assembly: AssemblyCompany("HES-SO / CHUV / Grégory Burri")>]
+[<assembly: AssemblyProduct("ParasitemiaCore.Tests")>]
+[<assembly: AssemblyCopyright("Copyright © 2015-2016")>]
+[<assembly: AssemblyTrademark("")>]
+[<assembly: AssemblyCulture("")>]
+
+// Setting ComVisible to false makes the types in this assembly not visible
+// to COM components.  If you need to access a type in this assembly from
+// COM, set the ComVisible attribute to true on that type.
+[<assembly: ComVisible(false)>]
+
+// The following GUID is for the ID of the typelib if this project is exposed to COM
+[<assembly: Guid("0f8a85f4-9328-40c3-b8ff-44fb39ceb01f")>]
+
+// Version information for an assembly consists of the following four values:
+//
+//       Major Version
+//       Minor Version
+//       Build Number
+//       Revision
+//
+// You can specify all the values or you can default the Build and Revision Numbers
+// by using the '*' as shown below:
+// [<assembly: AssemblyVersion("1.0.*")>]
+[<assembly: AssemblyVersion("1.0.0.0")>]
+[<assembly: AssemblyFileVersion("1.0.0.0")>]
+
+[<assembly: InternalsVisibleTo("ParasitemiaCore.Tests")>]
+
+do
+    ()
\ No newline at end of file
diff --git a/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/KdTree.fs b/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/KdTree.fs
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9c9d859
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,71 @@
+namespace ParasitemiaCore.Tests
+
+open Xunit
+open Xunit.Abstractions
+
+open ParasitemiaCore.KdTree
+
+type Point (x : float32, y : float32) =
+    interface I2DCoords with
+        member this.X = x
+        member this.Y = y
+
+    override this.ToString () =
+        sprintf "(%.1f, %.1f)" x y
+
+type KdTreeTests (output : ITestOutputHelper) =
+
+    // TODO: test with identical X or Y coords
+    [<Fact>]
+    member this.test () =
+        let pts =
+            [
+                Point(1.0f, 1.0f)
+                Point(2.0f, 2.0f)
+                Point(1.5f, 3.6f)
+                Point(3.0f, 3.2f)
+                Point(4.0f, 4.0f)
+                Point(3.5f, 1.5f)
+                Point(2.5f, 0.5f)
+            ]
+
+        let tree = Tree.BuildTree pts
+        output.WriteLine (sprintf "Tree: %A" tree)
+
+        let s1 = tree.Search { minX = 0.0f; maxX = 5.0f; minY = 0.0f; maxY = 5.0f } // All points.
+        output.WriteLine (sprintf "s1: %A" s1)
+
+        let s2 = tree.Search { minX = 2.8f; maxX = 4.5f; minY = 3.0f; maxY = 4.5f }
+        output.WriteLine (sprintf "s2: %A" s2)
+
+        let s3 = tree.Search { minX = 2.0f; maxX = 2.0f; minY = 2.0f; maxY = 2.0f }
+        output.WriteLine (sprintf "s3: %A" s3)
+
+    [<Fact>]
+    member this.test2 () =
+        let pts =
+            [
+                Point(1.0f, 1.0f)
+                Point(1.0f, 2.0f)
+                Point(1.0f, 3.0f)
+            ]
+
+        let tree = Tree.BuildTree pts
+        output.WriteLine (sprintf "Tree: %A" tree)
+
+        let s1 = tree.Search { minX = 1.0f; maxX = 1.0f; minY = 1.0f; maxY = 1.0f }
+        output.WriteLine (sprintf "s1: %A" s1)
+
+        let s2 = tree.Search { minX = 1.0f; maxX = 1.0f; minY = 2.0f; maxY = 2.0f }
+        output.WriteLine (sprintf "s2: %A" s2)
+
+        // This case result is wrong: FIXME
+        let s3 = tree.Search { minX = 1.0f; maxX = 1.0f; minY = 3.0f; maxY = 3.0f }
+        output.WriteLine (sprintf "s3: %A" s3)
+
+        let s4 = tree.Search { minX = 0.0f; maxX = 2.0f; minY = 0.0f; maxY = 4.0f }
+        output.WriteLine (sprintf "s4: %A" s4)
+
+
+
+
diff --git a/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/ParasitemiaCore.Tests.fsproj b/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/ParasitemiaCore.Tests.fsproj
new file mode 100644 (file)
index 0000000..dc8cf62
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,97 @@
+<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
+<Project ToolsVersion="14.0" DefaultTargets="Build" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">
+  <Import Project="..\..\packages\xunit.runner.visualstudio.2.2.0\build\net20\xunit.runner.visualstudio.props" Condition="Exists('..\..\packages\xunit.runner.visualstudio.2.2.0\build\net20\xunit.runner.visualstudio.props')" />
+  <Import Project="$(MSBuildExtensionsPath)\$(MSBuildToolsVersion)\Microsoft.Common.props" Condition="Exists('$(MSBuildExtensionsPath)\$(MSBuildToolsVersion)\Microsoft.Common.props')" />
+  <PropertyGroup>
+    <Configuration Condition=" '$(Configuration)' == '' ">Debug</Configuration>
+    <Platform Condition=" '$(Platform)' == '' ">AnyCPU</Platform>
+    <SchemaVersion>2.0</SchemaVersion>
+    <ProjectGuid>{2ab542e3-5f90-48ca-9442-32b2780b3e4a}</ProjectGuid>
+    <OutputType>Library</OutputType>
+    <RootNamespace>ParasitemiaCore.Tests</RootNamespace>
+    <AssemblyName>ParasitemiaCore.Tests</AssemblyName>
+    <TargetFrameworkVersion>v4.5.2</TargetFrameworkVersion>
+    <TargetFSharpCoreVersion>4.4.1.0</TargetFSharpCoreVersion>
+    <AutoGenerateBindingRedirects>true</AutoGenerateBindingRedirects>
+    <Name>ParasitemiaCore.Tests</Name>
+    <TargetFrameworkProfile />
+    <NuGetPackageImportStamp>
+    </NuGetPackageImportStamp>
+  </PropertyGroup>
+  <PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|AnyCPU' ">
+    <DebugSymbols>true</DebugSymbols>
+    <DebugType>full</DebugType>
+    <Optimize>false</Optimize>
+    <Tailcalls>false</Tailcalls>
+    <OutputPath>bin\Debug\</OutputPath>
+    <DefineConstants>DEBUG;TRACE</DefineConstants>
+    <WarningLevel>3</WarningLevel>
+    <DocumentationFile>bin\Debug\ParasitemiaCore.Tests.XML</DocumentationFile>
+    <PlatformTarget>AnyCPU</PlatformTarget>
+  </PropertyGroup>
+  <PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Release|AnyCPU' ">
+    <DebugType>pdbonly</DebugType>
+    <Optimize>true</Optimize>
+    <Tailcalls>true</Tailcalls>
+    <OutputPath>bin\Release\</OutputPath>
+    <DefineConstants>TRACE</DefineConstants>
+    <WarningLevel>3</WarningLevel>
+    <DocumentationFile>
+    </DocumentationFile>
+    <PlatformTarget>AnyCPU</PlatformTarget>
+  </PropertyGroup>
+  <PropertyGroup>
+    <MinimumVisualStudioVersion Condition="'$(MinimumVisualStudioVersion)' == ''">11</MinimumVisualStudioVersion>
+  </PropertyGroup>
+  <PropertyGroup Condition="Exists('$(MSBuildExtensionsPath32)\Microsoft\VisualStudio\v$(VisualStudioVersion)\FSharp\Microsoft.FSharp.Targets')">
+    <FSharpTargetsPath>$(MSBuildExtensionsPath32)\Microsoft\VisualStudio\v$(VisualStudioVersion)\FSharp\Microsoft.FSharp.Targets</FSharpTargetsPath>
+  </PropertyGroup>
+  <Import Project="$(FSharpTargetsPath)" />
+  <ItemGroup>
+    <Compile Include="AssemblyInfo.fs" />
+    <Content Include="packages.config" />
+    <Compile Include="KdTree.fs" />
+  </ItemGroup>
+  <ItemGroup>
+    <Reference Include="FSharp.Core">
+      <HintPath>..\packages\FSharp.Core.4.1.17\lib\net45\FSharp.Core.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="System" />
+    <Reference Include="System.Core" />
+    <Reference Include="System.ValueTuple">
+      <HintPath>..\..\packages\System.ValueTuple.4.3.1\lib\netstandard1.0\System.ValueTuple.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="xunit.abstractions">
+      <HintPath>..\..\packages\xunit.abstractions.2.0.1\lib\net35\xunit.abstractions.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="xunit.assert">
+      <HintPath>..\..\packages\xunit.assert.2.2.0\lib\netstandard1.1\xunit.assert.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="xunit.core">
+      <HintPath>..\..\packages\xunit.extensibility.core.2.2.0\lib\netstandard1.1\xunit.core.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="xunit.execution.desktop">
+      <HintPath>..\..\packages\xunit.extensibility.execution.2.2.0\lib\net452\xunit.execution.desktop.dll</HintPath>
+    </Reference>
+  </ItemGroup>
+  <ItemGroup>
+    <ProjectReference Include="..\..\ParasitemiaCore\ParasitemiaCore.fsproj">
+      <Name>ParasitemiaCore</Name>
+      <Project>{0f8a85f4-9328-40c3-b8ff-44fb39ceb01f}</Project>
+      <Private>True</Private>
+    </ProjectReference>
+  </ItemGroup>
+  <Target Name="EnsureNuGetPackageBuildImports" BeforeTargets="PrepareForBuild">
+    <PropertyGroup>
+      <ErrorText>This project references NuGet package(s) that are missing on this computer. Use NuGet Package Restore to download them.  For more information, see http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkID=322105. The missing file is {0}.</ErrorText>
+    </PropertyGroup>
+    <Error Condition="!Exists('..\..\packages\xunit.runner.visualstudio.2.2.0\build\net20\xunit.runner.visualstudio.props')" Text="$([System.String]::Format('$(ErrorText)', '..\..\packages\xunit.runner.visualstudio.2.2.0\build\net20\xunit.runner.visualstudio.props'))" />
+  </Target>
+  <!-- To modify your build process, add your task inside one of the targets below and uncomment it. 
+       Other similar extension points exist, see Microsoft.Common.targets.
+  <Target Name="BeforeBuild">
+  </Target>
+  <Target Name="AfterBuild">
+  </Target>
+  -->
+</Project>
\ No newline at end of file
diff --git a/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/packages.config b/Parasitemia/Tests/ParasitemiaCore.Tests/packages.config
new file mode 100644 (file)
index 0000000..63ccec1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,12 @@
+<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
+<packages>
+  <package id="FSharp.Core" version="4.1.17" targetFramework="net452" />
+  <package id="System.ValueTuple" version="4.3.1" targetFramework="net452" />
+  <package id="xunit" version="2.2.0" targetFramework="net452" />
+  <package id="xunit.abstractions" version="2.0.1" targetFramework="net452" />
+  <package id="xunit.assert" version="2.2.0" targetFramework="net452" />
+  <package id="xunit.core" version="2.2.0" targetFramework="net452" />
+  <package id="xunit.extensibility.core" version="2.2.0" targetFramework="net452" />
+  <package id="xunit.extensibility.execution" version="2.2.0" targetFramework="net452" />
+  <package id="xunit.runner.visualstudio" version="2.2.0" targetFramework="net452" developmentDependency="true" />
+</packages>
\ No newline at end of file
diff --git a/Parasitemia/WPF/License-LGPL.txt b/Parasitemia/WPF/License-LGPL.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..84d8640
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,506 @@
+                 GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
+                      Version 2.1, February 1999
+
+ Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
+     59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+[This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
+ as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
+ the version number 2.1.]
+
+                           Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
+free software--to make sure the software is free for all its users.
+
+  This license, the Lesser General Public License, applies to some
+specially designated software packages--typically libraries--of the
+Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
+can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
+this license or the ordinary General Public License is the better
+strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
+not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
+you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
+for this service if you wish); that you receive source code or can get
+it if you want it; that you can change the software and use pieces of
+it in new free programs; and that you are informed that you can do
+these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
+rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
+you if you distribute copies of the library or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
+or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
+you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
+code.  If you link other code with the library, you must provide
+complete object files to the recipients, so that they can relink them
+with the library after making changes to the library and recompiling
+it.  And you must show them these terms so they know their rights.
+
+  We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
+library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
+permission to copy, distribute and/or modify the library.
+
+  To protect each distributor, we want to make it very clear that
+there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
+modified by someone else and passed on, the recipients should know
+that what they have is not the original version, so that the original
+author's reputation will not be affected by problems that might be
+introduced by others.
+
+  Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
+any free program.  We wish to make sure that a company cannot
+effectively restrict the users of a free program by obtaining a
+restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
+any patent license obtained for a version of the library must be
+consistent with the full freedom of use specified in this license.
+
+  Most GNU software, including some libraries, is covered by the
+ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
+General Public License, applies to certain designated libraries, and
+is quite different from the ordinary General Public License.  We use
+this license for certain libraries in order to permit linking those
+libraries into non-free programs.
+
+  When a program is linked with a library, whether statically or using
+a shared library, the combination of the two is legally speaking a
+combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
+General Public License therefore permits such linking only if the
+entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
+Public License permits more lax criteria for linking other code with
+the library.
+
+  We call this license the "Lesser" General Public License because it
+does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
+Public License.  It also provides other free software developers Less
+of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
+are the reason we use the ordinary General Public License for many
+libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
+special circumstances.
+
+  For example, on rare occasions, there may be a special need to
+encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
+a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
+allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
+library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
+case, there is little to gain by limiting the free library to free
+software only, so we use the Lesser General Public License.
+
+  In other cases, permission to use a particular library in non-free
+programs enables a greater number of people to use a large body of
+free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
+non-free programs enables many more people to use the whole GNU
+operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
+system.
+
+  Although the Lesser General Public License is Less protective of the
+users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
+linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
+that program using a modified version of the Library.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.  Pay close attention to the difference between a
+"work based on the library" and a "work that uses the library".  The
+former contains code derived from the library, whereas the latter must
+be combined with the library in order to run.
+
+                 GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License Agreement applies to any software library or other
+program which contains a notice placed by the copyright holder or
+other authorized party saying it may be distributed under the terms of
+this Lesser General Public License (also called "this License").
+Each licensee is addressed as "you".
+
+  A "library" means a collection of software functions and/or data
+prepared so as to be conveniently linked with application programs
+(which use some of those functions and data) to form executables.
+
+  The "Library", below, refers to any such software library or work
+which has been distributed under these terms.  A "work based on the
+Library" means either the Library or any derivative work under
+copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
+portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
+straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
+included without limitation in the term "modification".)
+
+  "Source code" for a work means the preferred form of the work for
+making modifications to it.  For a library, complete source code means
+all the source code for all modules it contains, plus any associated
+interface definition files, plus the scripts used to control compilation
+and installation of the library.
+
+  Activities other than copying, distribution and modification are not
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+running a program using the Library is not restricted, and output from
+such a program is covered only if its contents constitute a work based
+on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
+writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
+and what the program that uses the Library does.
+  
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
+complete source code as you receive it, in any medium, provided that
+you conspicuously and appropriately publish on each copy an
+appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
+all the notices that refer to this License and to the absence of any
+warranty; and distribute a copy of this License along with the
+Library.
+
+  You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
+and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
+fee.
+
+  2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
+of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+above, provided that you also meet all of these conditions:
+
+    a) The modified work must itself be a software library.
+
+    b) You must cause the files modified to carry prominent notices
+    stating that you changed the files and the date of any change.
+
+    c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
+    charge to all third parties under the terms of this License.
+
+    d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
+    table of data to be supplied by an application program that uses
+    the facility, other than as an argument passed when the facility
+    is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
+    in the event an application does not supply such function or
+    table, the facility still operates, and performs whatever part of
+    its purpose remains meaningful.
+
+    (For example, a function in a library to compute square roots has
+    a purpose that is entirely well-defined independent of the
+    application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
+    application-supplied function or table used by this function must
+    be optional: if the application does not supply it, the square
+    root function must still compute square roots.)
+
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If
+identifiable sections of that work are not derived from the Library,
+and can be reasonably considered independent and separate works in
+themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
+sections when you distribute them as separate works.  But when you
+distribute the same sections as part of a whole which is a work based
+on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
+this License, whose permissions for other licensees extend to the
+entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
+it.
+
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
+your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
+exercise the right to control the distribution of derivative or
+collective works based on the Library.
+
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
+with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
+a storage or distribution medium does not bring the other work under
+the scope of this License.
+
+  3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
+License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
+this, you must alter all the notices that refer to this License, so
+that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
+instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
+ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
+that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
+these notices.
+
+  Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
+that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
+subsequent copies and derivative works made from that copy.
+
+  This option is useful when you wish to copy part of the code of
+the Library into a program that is not a library.
+
+  4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
+derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
+under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
+it with the complete corresponding machine-readable source code, which
+must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
+medium customarily used for software interchange.
+
+  If distribution of object code is made by offering access to copy
+from a designated place, then offering equivalent access to copy the
+source code from the same place satisfies the requirement to
+distribute the source code, even though third parties are not
+compelled to copy the source along with the object code.
+
+  5. A program that contains no derivative of any portion of the
+Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
+linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
+work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
+therefore falls outside the scope of this License.
+
+  However, linking a "work that uses the Library" with the Library
+creates an executable that is a derivative of the Library (because it
+contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
+library".  The executable is therefore covered by this License.
+Section 6 states terms for distribution of such executables.
+
+  When a "work that uses the Library" uses material from a header file
+that is part of the Library, the object code for the work may be a
+derivative work of the Library even though the source code is not.
+Whether this is true is especially significant if the work can be
+linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
+threshold for this to be true is not precisely defined by law.
+
+  If such an object file uses only numerical parameters, data
+structure layouts and accessors, and small macros and small inline
+functions (ten lines or less in length), then the use of the object
+file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
+work.  (Executables containing this object code plus portions of the
+Library will still fall under Section 6.)
+
+  Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
+distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
+Any executables containing that work also fall under Section 6,
+whether or not they are linked directly with the Library itself.
+
+  6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
+link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
+work containing portions of the Library, and distribute that work
+under terms of your choice, provided that the terms permit
+modification of the work for the customer's own use and reverse
+engineering for debugging such modifications.
+
+  You must give prominent notice with each copy of the work that the
+Library is used in it and that the Library and its use are covered by
+this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
+during execution displays copyright notices, you must include the
+copyright notice for the Library among them, as well as a reference
+directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
+of these things:
+
+    a) Accompany the work with the complete corresponding
+    machine-readable source code for the Library including whatever
+    changes were used in the work (which must be distributed under
+    Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
+    with the Library, with the complete machine-readable "work that
+    uses the Library", as object code and/or source code, so that the
+    user can modify the Library and then relink to produce a modified
+    executable containing the modified Library.  (It is understood
+    that the user who changes the contents of definitions files in the
+    Library will not necessarily be able to recompile the application
+    to use the modified definitions.)
+
+    b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
+    Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
+    copy of the library already present on the user's computer system,
+    rather than copying library functions into the executable, and (2)
+    will operate properly with a modified version of the library, if
+    the user installs one, as long as the modified version is
+    interface-compatible with the version that the work was made with.
+
+    c) Accompany the work with a written offer, valid for at
+    least three years, to give the same user the materials
+    specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
+    than the cost of performing this distribution.
+
+    d) If distribution of the work is made by offering access to copy
+    from a designated place, offer equivalent access to copy the above
+    specified materials from the same place.
+
+    e) Verify that the user has already received a copy of these
+    materials or that you have already sent this user a copy.
+
+  For an executable, the required form of the "work that uses the
+Library" must include any data and utility programs needed for
+reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
+the materials to be distributed need not include anything that is
+normally distributed (in either source or binary form) with the major
+components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
+which the executable runs, unless that component itself accompanies
+the executable.
+
+  It may happen that this requirement contradicts the license
+restrictions of other proprietary libraries that do not normally
+accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
+use both them and the Library together in an executable that you
+distribute.
+
+  7. You may place library facilities that are a work based on the
+Library side-by-side in a single library together with other library
+facilities not covered by this License, and distribute such a combined
+library, provided that the separate distribution of the work based on
+the Library and of the other library facilities is otherwise
+permitted, and provided that you do these two things:
+
+    a) Accompany the combined library with a copy of the same work
+    based on the Library, uncombined with any other library
+    facilities.  This must be distributed under the terms of the
+    Sections above.
+
+    b) Give prominent notice with the combined library of the fact
+    that part of it is a work based on the Library, and explaining
+    where to find the accompanying uncombined form of the same work.
+
+  8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
+the Library except as expressly provided under this License.  Any
+attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
+distribute the Library is void, and will automatically terminate your
+rights under this License.  However, parties who have received copies,
+or rights, from you under this License will not have their licenses
+terminated so long as such parties remain in full compliance.
+
+  9. You are not required to accept this License, since you have not
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+distribute the Library or its derivative works.  These actions are
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+modifying or distributing the Library (or any work based on the
+Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Library or works based on it.
+
+  10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
+Library), the recipient automatically receives a license from the
+original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
+subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
+this License.
+
+  11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
+license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Library.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
+particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
+and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+patents or other property right claims or to contest validity of any
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+integrity of the free software distribution system which is
+implemented by public license practices.  Many people have made
+generous contributions to the wide range of software distributed
+through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+to distribute software through any other system and a licensee cannot
+impose that choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+be a consequence of the rest of this License.
+
+  12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+original copyright holder who places the Library under this License may add
+an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
+so that distribution is permitted only in or among countries not thus
+excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
+written in the body of this License.
+
+  13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
+versions of the Lesser General Public License from time to time.
+Such new versions will be similar in spirit to the present version,
+but may differ in detail to address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
+specifies a version number of this License which applies to it and
+"any later version", you have the option of following the terms and
+conditions either of that version or of any later version published by
+the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
+license version number, you may choose any version ever published by
+the Free Software Foundation.
+
+  14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
+programs whose distribution conditions are incompatible with these,
+write to the author to ask for permission.  For software which is
+copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
+Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
+decision will be guided by the two goals of preserving the free status
+of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
+and reuse of software generally.
+
+                           NO WARRANTY
+
+  15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
+WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
+EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
+OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
+KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
+IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
+PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
+LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
+THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
+
+  16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
+WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
+AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
+FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
+CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
+LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
+RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
+FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
+SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
+DAMAGES.
+
+                    END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+           How to Apply These Terms to Your New Libraries
+
+  If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, we recommend making it free software that
+everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
+redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
+ordinary General Public License).
+
+  To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
+safest to attach them to the start of each source file to most effectively
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
+"copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
+
+    <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
+    Copyright (C) <year>  <name of author>
+
+    This library is free software; you can redistribute it and/or
+    modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+    License as published by the Free Software Foundation; either
+    version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+
+    This library is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+    Lesser General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+    License along with this library; if not, write to the Free Software
+    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
+necessary.  Here is a sample; alter the names:
+
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
+  library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
+
+  <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
+  Ty Coon, President of Vice
+
+That's all there is to it!
+
+
+
+
diff --git a/Parasitemia/WPF/OpenTK.dll.config b/Parasitemia/WPF/OpenTK.dll.config
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7098d39
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,25 @@
+<configuration>
+  <dllmap os="linux" dll="opengl32.dll" target="libGL.so.1"/>
+  <dllmap os="linux" dll="glu32.dll" target="libGLU.so.1"/>
+  <dllmap os="linux" dll="openal32.dll" target="libopenal.so.1"/>
+  <dllmap os="linux" dll="alut.dll" target="libalut.so.0"/>
+  <dllmap os="linux" dll="opencl.dll" target="libOpenCL.so"/>
+  <dllmap os="linux" dll="libX11" target="libX11.so.6"/>
+  <dllmap os="linux" dll="libXi" target="libXi.so.6"/>
+  <dllmap os="linux" dll="SDL2.dll" target="libSDL2-2.0.so.0"/>
+  <dllmap os="osx" dll="opengl32.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGL.framework/OpenGL"/>
+  <dllmap os="osx" dll="openal32.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenAL.framework/OpenAL" />
+  <dllmap os="osx" dll="alut.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenAL.framework/OpenAL" />
+  <dllmap os="osx" dll="libGLES.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGLES.framework/OpenGLES" />
+  <dllmap os="osx" dll="libGLESv1_CM.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGLES.framework/OpenGLES" />
+  <dllmap os="osx" dll="libGLESv2.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenGLES.framework/OpenGLES" />
+  <dllmap os="osx" dll="opencl.dll" target="/System/Library/Frameworks/OpenCL.framework/OpenCL"/>
+  <dllmap os="osx" dll="SDL2.dll" target="libSDL2.dylib"/>
+  <!-- XQuartz compatibility (X11 on Mac) -->
+  <dllmap os="osx" dll="libGL.so.1" target="/usr/X11/lib/libGL.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libX11" target="/usr/X11/lib/libX11.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXcursor.so.1" target="/usr/X11/lib/libXcursor.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXi" target="/usr/X11/lib/libXi.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXinerama" target="/usr/X11/lib/libXinerama.dylib"/>
+  <dllmap os="osx" dll="libXrandr.so.2" target="/usr/X11/lib/libXrandr.dylib"/>
+</configuration>
index 862c74a..c6f6f53 100644 (file)
@@ -1,5 +1,6 @@
 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
 <Project ToolsVersion="14.0" DefaultTargets="Build" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">
 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
 <Project ToolsVersion="14.0" DefaultTargets="Build" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">
+  <Import Project="..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.props" Condition="Exists('..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.props')" />
   <Import Project="$(MSBuildExtensionsPath)\$(MSBuildToolsVersion)\Microsoft.Common.props" Condition="Exists('$(MSBuildExtensionsPath)\$(MSBuildToolsVersion)\Microsoft.Common.props')" />
   <PropertyGroup>
     <Configuration Condition=" '$(Configuration)' == '' ">Debug</Configuration>
   <Import Project="$(MSBuildExtensionsPath)\$(MSBuildToolsVersion)\Microsoft.Common.props" Condition="Exists('$(MSBuildExtensionsPath)\$(MSBuildToolsVersion)\Microsoft.Common.props')" />
   <PropertyGroup>
     <Configuration Condition=" '$(Configuration)' == '' ">Debug</Configuration>
@@ -11,6 +12,8 @@
     <AssemblyName>WPF</AssemblyName>
     <TargetFrameworkVersion>v4.0</TargetFrameworkVersion>
     <FileAlignment>512</FileAlignment>
     <AssemblyName>WPF</AssemblyName>
     <TargetFrameworkVersion>v4.0</TargetFrameworkVersion>
     <FileAlignment>512</FileAlignment>
+    <NuGetPackageImportStamp>
+    </NuGetPackageImportStamp>
   </PropertyGroup>
   <PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|AnyCPU' ">
     <DebugSymbols>true</DebugSymbols>
   </PropertyGroup>
   <PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|AnyCPU' ">
     <DebugSymbols>true</DebugSymbols>
     <PlatformTarget>AnyCPU</PlatformTarget>
   </PropertyGroup>
   <ItemGroup>
     <PlatformTarget>AnyCPU</PlatformTarget>
   </PropertyGroup>
   <ItemGroup>
-    <Reference Include="Emgu.CV.World">
-      <HintPath>..\..\..\Emgu\emgucv-windesktop 3.1.0.2282\bin\Emgu.CV.World.dll</HintPath>
+    <Reference Include="Emgu.CV.UI, Version=3.1.0.2282, Culture=neutral, PublicKeyToken=7281126722ab4438, processorArchitecture=MSIL">
+      <HintPath>..\packages\EmguCV.3.1.0.1\lib\net30\Emgu.CV.UI.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="Emgu.CV.UI.GL, Version=3.1.0.2282, Culture=neutral, PublicKeyToken=7281126722ab4438, processorArchitecture=MSIL">
+      <HintPath>..\packages\EmguCV.3.1.0.1\lib\net30\Emgu.CV.UI.GL.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="Emgu.CV.World, Version=3.1.0.2282, Culture=neutral, PublicKeyToken=7281126722ab4438, processorArchitecture=MSIL">
+      <HintPath>..\packages\EmguCV.3.1.0.1\lib\net30\Emgu.CV.World.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="OpenTK, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=bad199fe84eb3df4, processorArchitecture=MSIL">
+      <HintPath>..\packages\OpenTK.2.0.0\lib\net20\OpenTK.dll</HintPath>
+    </Reference>
+    <Reference Include="OpenTK.GLControl, Version=1.1.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=bad199fe84eb3df4, processorArchitecture=MSIL">
+      <HintPath>..\packages\OpenTK.GLControl.1.1.2349.61993\lib\NET40\OpenTK.GLControl.dll</HintPath>
     </Reference>
     <Reference Include="PresentationCore" />
     <Reference Include="PresentationFramework" />
     <Reference Include="System" />
     <Reference Include="System.Core" />
     <Reference Include="System.Drawing" />
     </Reference>
     <Reference Include="PresentationCore" />
     <Reference Include="PresentationFramework" />
     <Reference Include="System" />
     <Reference Include="System.Core" />
     <Reference Include="System.Drawing" />
+    <Reference Include="System.Windows.Forms" />
     <Reference Include="System.Xml.Linq" />
     <Reference Include="System.Data.DataSetExtensions" />
     <Reference Include="Microsoft.CSharp" />
     <Reference Include="System.Data" />
     <Reference Include="System.Xml" />
     <Reference Include="WindowsBase" />
     <Reference Include="System.Xml.Linq" />
     <Reference Include="System.Data.DataSetExtensions" />
     <Reference Include="Microsoft.CSharp" />
     <Reference Include="System.Data" />
     <Reference Include="System.Xml" />
     <Reference Include="WindowsBase" />
+    <Reference Include="ZedGraph, Version=5.1.7.430, Culture=neutral, PublicKeyToken=02a83cbd123fcd60, processorArchitecture=MSIL">
+      <HintPath>..\packages\ZedGraph.5.1.7\lib\net35-Client\ZedGraph.dll</HintPath>
+    </Reference>
   </ItemGroup>
   <ItemGroup>
     <Compile Include="BitmapSourceConverter.cs" />
     <Compile Include="Properties\AssemblyInfo.cs" />
   </ItemGroup>
   </ItemGroup>
   <ItemGroup>
     <Compile Include="BitmapSourceConverter.cs" />
     <Compile Include="Properties\AssemblyInfo.cs" />
   </ItemGroup>
+  <ItemGroup>
+    <None Include="app.config" />
+    <None Include="OpenTK.dll.config" />
+    <None Include="packages.config" />
+  </ItemGroup>
+  <ItemGroup>
+    <Content Include="License-LGPL.txt" />
+  </ItemGroup>
   <Import Project="$(MSBuildToolsPath)\Microsoft.CSharp.targets" />
   <Import Project="$(MSBuildToolsPath)\Microsoft.CSharp.targets" />
+  <Target Name="EnsureNuGetPackageBuildImports" BeforeTargets="PrepareForBuild">
+    <PropertyGroup>
+      <ErrorText>This project references NuGet package(s) that are missing on this computer. Use NuGet Package Restore to download them.  For more information, see http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkID=322105. The missing file is {0}.</ErrorText>
+    </PropertyGroup>
+    <Error Condition="!Exists('..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.props')" Text="$([System.String]::Format('$(ErrorText)', '..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.props'))" />
+    <Error Condition="!Exists('..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.targets')" Text="$([System.String]::Format('$(ErrorText)', '..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.targets'))" />
+  </Target>
+  <Import Project="..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.targets" Condition="Exists('..\packages\EmguCV.3.1.0.1\build\EmguCV.targets')" />
   <!-- To modify your build process, add your task inside one of the targets below and uncomment it. 
        Other similar extension points exist, see Microsoft.Common.targets.
   <Target Name="BeforeBuild">
   <!-- To modify your build process, add your task inside one of the targets below and uncomment it. 
        Other similar extension points exist, see Microsoft.Common.targets.
   <Target Name="BeforeBuild">
diff --git a/Parasitemia/WPF/app.config b/Parasitemia/WPF/app.config
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b5c58b8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,15 @@
+<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
+<configuration>
+  <runtime>
+    <assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
+      <dependentAssembly>
+        <assemblyIdentity name="ZedGraph" publicKeyToken="02a83cbd123fcd60" culture="neutral" />
+        <bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-5.1.7.430" newVersion="5.1.7.430" />
+      </dependentAssembly>
+      <dependentAssembly>
+        <assemblyIdentity name="OpenTK" publicKeyToken="bad199fe84eb3df4" culture="neutral" />
+        <bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-2.0.0.0" newVersion="2.0.0.0" />
+      </dependentAssembly>
+    </assemblyBinding>
+  </runtime>
+</configuration>
\ No newline at end of file
diff --git a/Parasitemia/WPF/packages.config b/Parasitemia/WPF/packages.config
new file mode 100644 (file)
index 0000000..61bd4d2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,7 @@
+<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
+<packages>
+  <package id="EmguCV" version="3.1.0.1" targetFramework="net40" />
+  <package id="OpenTK" version="2.0.0" targetFramework="net40" />
+  <package id="OpenTK.GLControl" version="1.1.2349.61993" targetFramework="net40" />
+  <package id="ZedGraph" version="5.1.7" targetFramework="net40" />
+</packages>
\ No newline at end of file