Peculiar elements overlap RBC now.
authorGreg Burri <greg.burri@gmail.com>
Tue, 2 Feb 2016 23:01:45 +0000 (00:01 +0100)
committerGreg Burri <greg.burri@gmail.com>
Tue, 2 Feb 2016 23:01:45 +0000 (00:01 +0100)
Parasitemia/ParasitemiaCore/AssemblyInfo.fs
Parasitemia/ParasitemiaCore/Classifier.fs
Parasitemia/ParasitemiaCore/Config.fs
Parasitemia/ParasitemiaUI/AssemblyInfo.fs
Parasitemia/ParasitemiaUI/GUI.fs
Parasitemia/ParasitemiaUI/PiaZ.fs
Parasitemia/ParasitemiaUI/Program.fs
Parasitemia/ParasitemiaUI/Types.fs
Parasitemia/ParasitemiaUI/XAML/PPICalculatorWindow.xaml

index 21b305e..f473726 100644 (file)
@@ -34,8 +34,8 @@ open System.Runtime.InteropServices
 // You can specify all the values or you can default the Build and Revision Numbers
 // by using the '*' as shown below:
 // [<assembly: AssemblyVersion("1.0.*")>]
 // You can specify all the values or you can default the Build and Revision Numbers
 // by using the '*' as shown below:
 // [<assembly: AssemblyVersion("1.0.*")>]
-[<assembly: AssemblyVersion("1.0.0.5")>]
-[<assembly: AssemblyFileVersion("1.0.0.5")>]
+[<assembly: AssemblyVersion("1.0.0.6")>]
+[<assembly: AssemblyFileVersion("1.0.0.6")>]
 
 do
     ()
\ No newline at end of file
 
 do
     ()
\ No newline at end of file
index 0012a4f..ea3f9dd 100644 (file)
@@ -10,10 +10,12 @@ open Emgu.CV.Structure
 open Types
 open Utils
 
 open Types
 open Utils
 
+type CellState = RBC = 1 | Removed = 2 | Peculiar = 3
+
 type private EllipseFlaggedKd (e: Ellipse) =
     inherit Ellipse (e.Cx, e.Cy, e.A, e.B, e.Alpha)
 
 type private EllipseFlaggedKd (e: Ellipse) =
     inherit Ellipse (e.Cx, e.Cy, e.A, e.B, e.Alpha)
 
-    member val Removed = false with get, set
+    member val State = CellState.RBC with get, set
 
     interface KdTree.I2DCoords with
         member this.X = this.Cx
 
     interface KdTree.I2DCoords with
         member this.X = this.Cx
@@ -38,32 +40,45 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
 
         // Return 'true' if the point 'p' is owned by e.
         // The lines represents all intersections with other ellipses.
 
         // Return 'true' if the point 'p' is owned by e.
         // The lines represents all intersections with other ellipses.
-        let pixelOwnedByE (p: PointF) (e: Ellipse) (others: (Ellipse * Line) list) =
+        let pixelOwnedByE (p: PointF) (e: EllipseFlaggedKd) (neighbors: (EllipseFlaggedKd * PointF * PointF) list) =
             e.Contains p.X p.Y &&
             seq {
                 let c = PointF(e.Cx, e.Cy)
 
             e.Contains p.X p.Y &&
             seq {
                 let c = PointF(e.Cx, e.Cy)
 
-                for e', d1 in others do
-                    let d2 = lineFromTwoPoints c p
-                    let c' = PointF(e'.Cx, e'.Cy)
-                    let v = pointFromTwoLines d1 (lineFromTwoPoints c c')
-                    let case1 = sign (v.X - c.X) <> sign (v.X - c'.X) || Utils.squaredDistanceTwoPoints v c > Utils.squaredDistanceTwoPoints v c'
-                    if not (Single.IsInfinity d2.A)
+                for e', d1 in neighbors
+                              |> List.choose (fun (otherE, p1, p2) ->
+                                                if otherE.State = CellState.Removed
+                                                then None
+                                                else Some (otherE, Utils.lineFromTwoPoints p1 p2)) do
+                    if e'.State = e.State // Peculiar vs peculiar or RBC vs RBC.
                     then
                     then
-                        let p' = Utils.pointFromTwoLines d1 d2
-                        let delta, delta' =
-                            let dx1, dx2 = (c.X - p.X), (c.X - p'.X)
-                            // To avoid rounding issue.
-                            if abs dx1 < 0.01f || abs dx2 < 0.01f then c.Y - p.Y, c.Y - p'.Y else dx1, dx2
-
-                        // Yield 'false' when the point is owned by another ellipse.
-                        if case1
+                        let d2 = lineFromTwoPoints c p
+                        let c' = PointF(e'.Cx, e'.Cy)
+                        let v = pointFromTwoLines d1 (lineFromTwoPoints c c')
+                        let case1 = sign (v.X - c.X) <> sign (v.X - c'.X) || Utils.squaredDistanceTwoPoints v c > Utils.squaredDistanceTwoPoints v c'
+                        if not (Single.IsInfinity d2.A)
                         then
                         then
-                            yield sign delta <> sign delta' || Utils.squaredDistanceTwoPoints c p' > Utils.squaredDistanceTwoPoints c p
+                            let p' = Utils.pointFromTwoLines d1 d2
+                            let delta, delta' =
+                                let dx1, dx2 = (c.X - p.X), (c.X - p'.X)
+                                // To avoid rounding issue.
+                                if abs dx1 < 0.01f || abs dx2 < 0.01f then c.Y - p.Y, c.Y - p'.Y else dx1, dx2
+
+                            // Yield 'false' when the point is owned by another ellipse.
+                            if case1
+                            then
+                                yield sign delta <> sign delta' || Utils.squaredDistanceTwoPoints c p' > Utils.squaredDistanceTwoPoints c p
+                            else
+                                yield sign delta = sign delta' && Utils.squaredDistanceTwoPoints c p' < Utils.squaredDistanceTwoPoints c p
                         else
                         else
-                            yield sign delta = sign delta' && Utils.squaredDistanceTwoPoints c p' < Utils.squaredDistanceTwoPoints c p
+                            yield case1
+
+                    elif e.State = CellState.Peculiar // A peculiar always win against a RBC.
+                    then
+                        yield true
                     else
                     else
-                        yield case1
+                        yield not <| e'.Contains p.X p.Y
+
             } |> Seq.forall id
 
         let ellipses = ellipses |> List.map EllipseFlaggedKd
             } |> Seq.forall id
 
         let ellipses = ellipses |> List.map EllipseFlaggedKd
@@ -71,7 +86,7 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
         // 1) Associate touching ellipses with each ellipses and remove ellipse with more than two intersections.
         let tree = KdTree.Tree.BuildTree ellipses
         let neighbors (e: EllipseFlaggedKd) : (EllipseFlaggedKd * PointF * PointF) list =
         // 1) Associate touching ellipses with each ellipses and remove ellipse with more than two intersections.
         let tree = KdTree.Tree.BuildTree ellipses
         let neighbors (e: EllipseFlaggedKd) : (EllipseFlaggedKd * PointF * PointF) list =
-            if not e.Removed
+            if e.State <> CellState.Removed
             then
                 tree.Search (searchRegion e)
                     // We only keep the ellipses touching 'e'.
             then
                 tree.Search (searchRegion e)
                     // We only keep the ellipses touching 'e'.
@@ -80,24 +95,23 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
                         then
                             match EEOver.EEOverlapArea e otherE with
                             | Some (_, px, _) when px.Length > 2 ->
                         then
                             match EEOver.EEOverlapArea e otherE with
                             | Some (_, px, _) when px.Length > 2 ->
-                                otherE.Removed <- true
+                                otherE.State <- CellState.Removed
                                 None
                             | Some (area, px, py) when area > 0.f && px.Length = 2 ->
                                 Some (otherE, PointF(px.[0], py.[0]), PointF(px.[1], py.[1]))
                             | _ ->
                                 None
                         else
                                 None
                             | Some (area, px, py) when area > 0.f && px.Length = 2 ->
                                 Some (otherE, PointF(px.[0], py.[0]), PointF(px.[1], py.[1]))
                             | _ ->
                                 None
                         else
-                            None )
+                            None)
             else
                 []
 
             else
                 []
 
-        // We reverse the list to get the lower score ellipses first.
-        let ellipsesWithNeigbors = ellipses |> List.map (fun e -> e, neighbors e) |> List.rev
+        let ellipsesWithNeigbors = ellipses |> List.map (fun e -> e, neighbors e)
 
         // 2) Remove ellipses touching the edges.
         let widthF, heightF = float32 width, float32 height
         for e in ellipses do
 
         // 2) Remove ellipses touching the edges.
         let widthF, heightF = float32 width, float32 height
         for e in ellipses do
-            if e.isOutside widthF heightF then e.Removed <- true
+            if e.isOutside widthF heightF then e.State <- CellState.Removed
 
         // 3) Remove ellipses with a high standard deviation (high contrast).
         // Obsolete. It was useful when the ellipses result quality wasn't good.
 
         // 3) Remove ellipses with a high standard deviation (high contrast).
         // Obsolete. It was useful when the ellipses result quality wasn't good.
@@ -126,7 +140,7 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
         // 4) Remove ellipses with little area.
         let minArea = config.RBCRadius.MinArea
         for e, neighbors in ellipsesWithNeigbors do
         // 4) Remove ellipses with little area.
         let minArea = config.RBCRadius.MinArea
         for e, neighbors in ellipsesWithNeigbors do
-            if not e.Removed
+            if e.State <> CellState.Removed
             then
                 let minX, minY, maxX, maxY = ellipseWindow e
 
             then
                 let minX, minY, maxX, maxY = ellipseWindow e
 
@@ -134,13 +148,37 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
                 for y in (if minY < 0 then 0 else minY) .. (if maxY >= height then height - 1 else maxY) do
                     for x in (if minX < 0 then 0 else minX) .. (if maxX >= width then width - 1 else maxX) do
                         let p = PointF(float32 x, float32 y)
                 for y in (if minY < 0 then 0 else minY) .. (if maxY >= height then height - 1 else maxY) do
                     for x in (if minX < 0 then 0 else minX) .. (if maxX >= width then width - 1 else maxX) do
                         let p = PointF(float32 x, float32 y)
-                        if pixelOwnedByE p e (neighbors |> List.choose (fun (otherE, p1, p2) -> if otherE.Removed then None else Some (otherE :> Ellipse, Utils.lineFromTwoPoints p1 p2)))
+                        if pixelOwnedByE p e neighbors
                         then
                             area <- area + 1
 
                 if area < int minArea
                 then
                         then
                             area <- area + 1
 
                 if area < int minArea
                 then
-                    e.Removed <- true
+                    e.State <- CellState.Removed
+
+        // 5) Define non-rbc (peculiar) cells.
+        let darkStainData = parasites.darkStain.Data
+        ellipsesWithNeigbors
+        |> List.choose (fun (e, neighbors) ->
+            if e.State = CellState.Removed
+            then
+                None
+            else
+                let mutable darkStainPixels = 0
+                let mutable nbElement = 0
+                let minX, minY, maxX, maxY = ellipseWindow e
+                for y in minY .. maxY do
+                    for x in minX .. maxX do
+                        let p = PointF(float32 x, float32 y)
+                        if pixelOwnedByE p e neighbors
+                        then
+                            nbElement <- nbElement + 1
+                            if darkStainData.[y, x, 0] > 0uy
+                            then
+                                darkStainPixels <- darkStainPixels + 1
+
+                if float darkStainPixels > config.Parameters.maxDarkStainRatio * (float nbElement) then Some e else None)
+        |> List.iter (fun e -> e.State <- CellState.Peculiar)
 
         // 5) Define pixels associated to each ellipse and create the cells.
         let diameterParasiteSquared = (2.f * config.RBCRadius.ParasiteRadius) ** 2.f |> roundInt
 
         // 5) Define pixels associated to each ellipse and create the cells.
         let diameterParasiteSquared = (2.f * config.RBCRadius.ParasiteRadius) ** 2.f |> roundInt
@@ -152,7 +190,7 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
 
         ellipsesWithNeigbors
         |> List.choose (fun (e, neighbors) ->
 
         ellipsesWithNeigbors
         |> List.choose (fun (e, neighbors) ->
-            if e.Removed
+            if e.State = CellState.Removed
             then
                 None
             else
             then
                 None
             else
@@ -161,14 +199,13 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
                 let nucleusPixels = List<Point>()
                 let parasitePixels = List<Point>()
 
                 let nucleusPixels = List<Point>()
                 let parasitePixels = List<Point>()
 
-                let mutable darkStainPixels = 0
                 let mutable nbElement = 0
 
                 let elements = new Matrix<byte>(maxY - minY + 1, maxX - minX + 1)
                 for y in minY .. maxY do
                     for x in minX .. maxX do
                         let p = PointF(float32 x, float32 y)
                 let mutable nbElement = 0
 
                 let elements = new Matrix<byte>(maxY - minY + 1, maxX - minX + 1)
                 for y in minY .. maxY do
                     for x in minX .. maxX do
                         let p = PointF(float32 x, float32 y)
-                        if pixelOwnedByE p e (neighbors |> List.choose (fun (otherE, p1, p2) -> if otherE.Removed then None else Some (otherE :> Ellipse, Utils.lineFromTwoPoints p1 p2)))
+                        if pixelOwnedByE p e neighbors
                         then
                             elements.[y - minY, x - minX] <- 1uy
                             nbElement <- nbElement + 1
                         then
                             elements.[y - minY, x - minX] <- 1uy
                             nbElement <- nbElement + 1
@@ -181,20 +218,18 @@ let findCells (ellipses: Ellipse list) (parasites: ParasitesMarker.Result) (widt
                             then
                                 parasitePixels.Add(Point(x, y))
 
                             then
                                 parasitePixels.Add(Point(x, y))
 
-                            if darkStainData.[y, x, 0] > 0uy
-                            then
-                                darkStainPixels <- darkStainPixels + 1
-
-                let mutable parasiteArea = 0
-                if nucleusPixels.Count > 0
-                then
-                    for parasitePixel in parasitePixels do
-                        if nucleusPixels.Exists(fun p -> pown (p.X - parasitePixel.X) 2 + pown (p.Y - parasitePixel.Y) 2 <= diameterParasiteSquared)
-                        then
-                            parasiteArea <- parasiteArea + 1
+                let parasiteArea =
+                    if nucleusPixels.Count > 0
+                    then
+                        seq {
+                            for parasitePixel in parasitePixels do
+                                if nucleusPixels.Exists(fun p -> pown (p.X - parasitePixel.X) 2 + pown (p.Y - parasitePixel.Y) 2 <= diameterParasiteSquared)
+                                then yield 1 } |> Seq.sum
+                    else
+                        0
 
                 let cellClass =
 
                 let cellClass =
-                    if float darkStainPixels > config.Parameters.maxDarkStainRatio * (float nbElement)
+                    if e.State = CellState.Peculiar
                     then
                         Peculiar
 
                     then
                         Peculiar
 
index 18c64cc..8159173 100644 (file)
@@ -62,7 +62,7 @@ let defaultParameters = {
     factorNbValidPick = 0.06 //1.0
     factorNbMaxPick = 4.
 
     factorNbValidPick = 0.06 //1.0
     factorNbMaxPick = 4.
 
-    darkStainLevel = 1.1
+    darkStainLevel = 1.
     maxDarkStainRatio = 0.1 // 10 %
 
     parasiteRadiusRatio = 0.5f // 50 %
     maxDarkStainRatio = 0.1 // 10 %
 
     parasiteRadiusRatio = 0.5f // 50 %
index 46c0c22..49cbbb3 100644 (file)
@@ -34,8 +34,8 @@ open System.Runtime.InteropServices
 // You can specify all the values or you can default the Build and Revision Numbers
 // by using the '*' as shown below:
 // [<assembly: AssemblyVersion("1.0.*")>]
 // You can specify all the values or you can default the Build and Revision Numbers
 // by using the '*' as shown below:
 // [<assembly: AssemblyVersion("1.0.*")>]
-[<assembly: AssemblyVersion("1.0.0.5")>]
-[<assembly: AssemblyFileVersion("1.0.0.5")>]
+[<assembly: AssemblyVersion("1.0.0.6")>]
+[<assembly: AssemblyFileVersion("1.0.0.6")>]
 
 do
     ()
\ No newline at end of file
 
 do
     ()
\ No newline at end of file
index 8438b4b..0b0d6dd 100644 (file)
@@ -273,7 +273,7 @@ let run (defaultConfig: Config) (fileToOpen: string option) =
         with
         | :? IOException as ex ->
             Log.Error(ex.ToString())
         with
         | :? IOException as ex ->
             Log.Error(ex.ToString())
-            MessageBox.Show(sprintf "The document cannot be save in '%s'" state.FilePath, "Error saving the document", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
+            MessageBox.Show(sprintf "The document cannot be save in \"%s\"" state.FilePath, "Error saving the document", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
 
     let saveCurrentDocumentAsNewFile () =
         match askDocumentPathToSave () with
 
     let saveCurrentDocumentAsNewFile () =
         match askDocumentPathToSave () with
@@ -394,7 +394,7 @@ let run (defaultConfig: Config) (fileToOpen: string option) =
         | :? IOException as ex ->
             Log.Error(ex.ToString())
             state.FilePath <- previousFilePath
         | :? IOException as ex ->
             Log.Error(ex.ToString())
             state.FilePath <- previousFilePath
-            MessageBox.Show(sprintf "The document cannot be loaded from '%s'" state.FilePath, "Error loading the document", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
+            MessageBox.Show(sprintf "The document cannot be loaded from \"%s\"" filepath, "Error loading the document", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
 
     let askLoadFile () =
         let dialog = OpenFileDialog(Filter = PiaZ.filter)
 
     let askLoadFile () =
         let dialog = OpenFileDialog(Filter = PiaZ.filter)
@@ -425,7 +425,7 @@ let run (defaultConfig: Config) (fileToOpen: string option) =
             with
             | :? IOException as ex ->
                 Log.Error(ex.ToString())
             with
             | :? IOException as ex ->
                 Log.Error(ex.ToString())
-                MessageBox.Show(sprintf "The results cannot be exported in '%s'" state.FilePath, "Error exporting the files", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
+                MessageBox.Show(sprintf "The results cannot be exported in \"%s\"" state.FilePath, "Error exporting the files", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
 
     win.txtPatient.TextChanged.AddHandler(fun obj args -> state.PatientID <- win.txtPatient.Text)
 
 
     win.txtPatient.TextChanged.AddHandler(fun obj args -> state.PatientID <- win.txtPatient.Text)
 
@@ -450,7 +450,7 @@ let run (defaultConfig: Config) (fileToOpen: string option) =
                 with
                 | _ as ex ->
                     Log.Error(ex.ToString())
                 with
                 | _ as ex ->
                     Log.Error(ex.ToString())
-                    MessageBox.Show(sprintf "Unable to read the image from '%s'" filename, "Error adding an image", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
+                    MessageBox.Show(sprintf "Unable to read the image from \"%s\"" filename, "Error adding an image", MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error) |> ignore
 
             updateGlobalParasitemia ()
 
 
             updateGlobalParasitemia ()
 
index bdd6d07..bb553b8 100644 (file)
@@ -20,8 +20,7 @@ let filter = "PIA|*.piaz"
 // Information associated to a document.
 type JSONInformation = {
     patientID: string
 // Information associated to a document.
 type JSONInformation = {
     patientID: string
-    fileVersion: int
-}
+    fileVersion: int }
 
 // Information associated to each images.
 type JSONSourceImage = {
 
 // Information associated to each images.
 type JSONSourceImage = {
@@ -34,13 +33,11 @@ type JSONSourceImage = {
     rbcs: RBC List
 
     healthyRBCBrightness: float32 // 0 to 1.
     rbcs: RBC List
 
     healthyRBCBrightness: float32 // 0 to 1.
-    infectedRBCBrightness: float32 // 0 to 1.
-}
+    infectedRBCBrightness: float32 } // 0 to 1.
 
 type DocumentData = {
     patientID: string
 
 type DocumentData = {
     patientID: string
-    images: SourceImage list
-}
+    images: SourceImage list }
 
 let mainEntryName = "info.json"
 let imageExtension = ".tiff"
 
 let mainEntryName = "info.json"
 let imageExtension = ".tiff"
index ce7cdd4..a26abfc 100644 (file)
@@ -39,63 +39,87 @@ let parseArgs (args: string[]) : Arguments =
 
     runningMode, Array.exists ((=) "--debug") args
 
 
     runningMode, Array.exists ((=) "--debug") args
 
+let showArgsHelp () =
+    printfn "Usage of Parasitemia :"
+    printfn "Non-interactive mode:"
+    printfn "  %s (--folder <folder>|--file <file>) --output <folder> [--debug]" System.AppDomain.CurrentDomain.FriendlyName
+    printfn "    --folder <folder> : an input folder containing images to analyze"
+    printfn "    --file <file> : an image file to be analyzed"
+    printfn "    --output <folder> : a folder to put the results"
+    printfn "    --debug: output more information like intermediate images if set"
+
+    printfn "Interactive mode:"
+    printfn "  %s [<document-file>] [--debug]" System.AppDomain.CurrentDomain.FriendlyName
+    printfn "    <document-file> : a PIAZ file to automatically open at startup"
+    printfn "    --debug : output information like intermediate images if set in the current directory"
+
+[<System.Runtime.InteropServices.DllImport("kernel32.dll")>]
+extern bool AttachConsole(int dwProcessId)
+
 [<EntryPoint>]
 [<STAThread()>]
 let main args =
 [<EntryPoint>]
 [<STAThread()>]
 let main args =
-    try
-        Log.User("Starting of Parasitemia UI ...")
-
-        let result =
-            match parseArgs args with
-            | mode, debug ->
-                let config = Config(defaultParameters)
-
-                match mode with
-                | CmdLine (input, output) ->
-                    if debug
-                    then
-                        config.Debug <- DebugOn output
-
-                    Directory.CreateDirectory output |> ignore
-
-                    use logFile = new StreamWriter(new FileStream(Path.Combine(output, "log.txt"), FileMode.Append, FileAccess.Write))
-                    let listener = { new IListener with member this.NewEntry severity mess = logFile.WriteLine(mess) }
-                    Log.AddListener(listener)
-
-                    Log.User (sprintf "=== New run : %A %A ===" DateTime.Now  (if debug then "[DEBUG]" else "[RELEASE]"))
-
-                    let files = match input with
-                                | File file -> [ file ]
-                                | Dir dir -> Directory.EnumerateFiles dir |> List.ofSeq
-
-                    use resultFile = new StreamWriter(new FileStream(Path.Combine(output, "results.txt"), FileMode.Append, FileAccess.Write))
-
-
-                    let images = [ for file in files -> Path.GetFileNameWithoutExtension(FileInfo(file).Name), config.Copy(), new Image<Bgr, byte>(file) ]
-
-                    Log.LogWithTime("Whole analyze", Severity.USER, (fun () ->
-                        match ParasitemiaCore.Analysis.doMultipleAnalysis images None with
-                        | Some results ->
-                            for id, cells in results do
-                                let config, img = images |> List.pick (fun (id', config', img') -> if id' = id then Some (config', img') else None)
-                                img.Dispose()
-                                let total, infected = countCells cells
-                                fprintf resultFile "File: %s %d %d %.2f (diameter: %A)\n" id total infected (100. * (float infected) / (float total)) config.RBCRadius
-                        | None ->
-                            fprintf resultFile "Analysis aborted"
-                        Some ())) |> ignore
-
-                    Log.RmListener(listener)
-                    0
-
-                | Window fileToOpen ->
-                    if debug then config.Debug <- DebugOn "."
-                    GUI.run config fileToOpen
-
-        Log.User("Parasitemia UI closed")
-        result
-
-    with
-    | ex ->
-        Log.Fatal("Error: {0}", ex)
-        1
\ No newline at end of file
+    // To redirect stdout to the attached console.
+    AttachConsole(-1) |> ignore // -1 to attach to the parent process.
+
+    if Array.exists (fun e -> e = "--help" || e = "-h") args
+    then
+        showArgsHelp ()
+        0
+    else
+        try
+            Log.User("Starting of Parasitemia UI ...")
+
+            let result =
+                match parseArgs args with
+                | mode, debug ->
+                    let config = Config(defaultParameters)
+
+                    match mode with
+                    | CmdLine (input, output) ->
+                        if debug
+                        then
+                            config.Debug <- DebugOn output
+
+                        Directory.CreateDirectory output |> ignore
+
+                        use logFile = new StreamWriter(new FileStream(Path.Combine(output, "log.txt"), FileMode.Append, FileAccess.Write))
+                        let listener = { new IListener with member this.NewEntry severity mess = logFile.WriteLine(mess) }
+                        Log.AddListener(listener)
+
+                        Log.User (sprintf "=== New run : %A %A ===" DateTime.Now  (if debug then "[DEBUG]" else "[RELEASE]"))
+
+                        let files = match input with
+                                    | File file -> [ file ]
+                                    | Dir dir -> Directory.EnumerateFiles dir |> List.ofSeq
+
+                        use resultFile = new StreamWriter(new FileStream(Path.Combine(output, "results.txt"), FileMode.Append, FileAccess.Write))
+
+                        let images = [ for file in files -> Path.GetFileNameWithoutExtension(FileInfo(file).Name), config.Copy(), new Image<Bgr, byte>(file) ]
+
+                        Log.LogWithTime("Whole analyze", Severity.USER, (fun () ->
+                            match ParasitemiaCore.Analysis.doMultipleAnalysis images None with
+                            | Some results ->
+                                for id, cells in results do
+                                    let config, img = images |> List.pick (fun (id', config', img') -> if id' = id then Some (config', img') else None)
+                                    img.Dispose()
+                                    let total, infected = countCells cells
+                                    fprintf resultFile "File: %s %d %d %.2f (diameter: %A)\n" id total infected (100. * (float infected) / (float total)) config.RBCRadius
+                            | None ->
+                                fprintf resultFile "Analysis aborted"
+                            Some ())) |> ignore
+
+                        Log.RmListener(listener)
+                        0
+
+                    | Window fileToOpen ->
+                        if debug then config.Debug <- DebugOn "."
+                        GUI.run config fileToOpen
+
+            Log.User("Parasitemia UI closed")
+            result
+
+        with
+        | ex ->
+            Log.Fatal("Error: {0}", ex)
+            1
\ No newline at end of file
index 92d39b8..e29465c 100644 (file)
@@ -7,13 +7,18 @@ open System.Windows.Media
 open Emgu.CV
 open Emgu.CV.Structure
 
 open Emgu.CV
 open Emgu.CV.Structure
 
+open Newtonsoft.Json
+
 let healthyRBColor = Color.FromRgb(255uy, 255uy, 0uy) // Yellow-green.
 let infectedRBColor = Color.FromRgb(255uy, 0uy, 40uy) // Red with a bit of blue.
 
 type RBC = {
     num: int
 
 let healthyRBColor = Color.FromRgb(255uy, 255uy, 0uy) // Yellow-green.
 let infectedRBColor = Color.FromRgb(255uy, 0uy, 40uy) // Red with a bit of blue.
 
 type RBC = {
     num: int
 
+    [<JsonIgnore>]
     mutable infected: bool
     mutable infected: bool
+
+    [<JsonIgnore>]
     mutable setManually: bool
 
     center: Point
     mutable setManually: bool
 
     center: Point
index d52a144..2ac8540 100644 (file)
@@ -3,7 +3,7 @@
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